Большинство функций, которые есть в помощнике просто напросто отсутствуют в стандартном решении 1с. Например: учет аналогов и сезонности, работа по расписанию, автоматическая балансировка остатков и автоперемещения между магазинами, установка цен прямо из отчета, загрузка прайсов поставщиков и многое другое. Конкретные функциональные отличия описаны
здесь.